为明代万历十四年（公元1587年）僧人彻空所建。原名“鹿野禅林”。据悉彻空建寺之初，在山麓请人占卜选址，恰巧逢一群鹿经过。彻空紧随而至，来到这块建筑师山环抱，松杉掩映之地。只见群鹿栖居嬉戏，流泉淙淙，是块理想的风水宝地，于是切空祈祷说：“此间与我有缘，当收群鹿为徒”。谁知第二天，不见鹿的踪影不长，“鹿走龙来”，这里又被几条孽龙所强占。这几条龙起先还相安无事，过了不久就常为一些小事争斗，闹得山洪濒起，狂风不止，毁坏山林田畴，成为附近一大公害，彻空见状，决制龙，除此一害。并掘下“制龙洞”以铜钟化石降服三龙。即：黄龙、乌龙、白龙、并训服之，将原来的“鹿野寺“更名为黄龙寺。
黄龙寺在彻空的苦心经营下，制定了严格的规章，其中就有“山木不得折损一枝”的要求。十几年后松杉掩映远近享有一定名气，当时明神粽子母亲慈圣皇太后（亦称：李太后），为抬高自己的身份和地位，崇信佛教，在全国大布施。因慈圣皇太后，本系宫女出身，被穆宗眷顾了一资助，生得一聪慧的儿子，她儿子六风立为皇太了，十岁登基。断承大统做了皇帝，几项原因使慈圣更加迷信，认定儿子登基上佛祖圣灵的保佑，加倍希望凶儿子平安。在京城内外大建寺庙，动则耗资几万两，明神宗也竭力支持“助施无算”。彻骨空那时通过归宗名僧达观。结识了慈圣皇太后，太后正在向全国大施舍，就赐了大量经卷，法器、佛什用品于此。（有上刻藏经六百三十七函，续刻藏经四十一函，四百一十卷，以及罗汉十八轴。渗金佛像，昆卢佛像，太金铜香炉、花瓶、万岁牌、圆球大镜等）使黄龙寺名声大噪，红及一时一跃成为“五大丛林”之上的名寺，为此彻空建赐经亭，并在以工殿左龛供奉万历太后像，早晚摩拜，香火愈来愈来盛。
只是到了清代中后期，太平军来此毁庙五间，1939年又被日工资军毁三间，最后只剩下后面的禅房。1926年（民国十五年）康有为第三次上庐山，来此游览，为寺里题写了“黄龙寺”，“禅堂”二块匾额。 1997年在现在的主持大力倡导下，重建了大雄宝殿。这是个新庙，如果诸位感兴趣可进去，磕个头，烧柱香参观游览。
